写在前面
如题,大概就是为了探索这个ggsurvplot函数的p值是如何计算的,首先调用命令
fit <- survfit(Surv(DFS,status)~Group,score_v)ggsurvplot(fit,palette = 'jco',size=1.3,pval=TRUE,pval.method = TRUE,legend.labs=c("High","Low"), legend.title='Score',xlab="Time(years)",ylab='Overall survival',ggtheme = mytheme)
pval.method = TRUE
该参数设置为T后,它会提示用了哪种方法计算p值,结果就是
同样的这个函数的帮助文档中也有更细节的部分,
利用函数计算p值
那么利用这个思路,查阅相关资料https://www.rdocumentation.org/packages/survminer/versions/0.4.9/topics/surv_pvalue
给出了这个答案
后续探索
有人也在github提出了这个问题,https://github.com/kassambara/survminer/issues/453,但说是解决了
library(survival)
library(survminer)
View(lung)
attach(lung)
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data= lung)
ggsurvplot(fit, data = lung, ggtheme= theme_bw(), risk.table = F, pval = TRUE, pval.method = TRUE, surv.median.line = "hv", tables.height = 0.2, xlim = c(0, 110),log.rank.weights= "n" )
survdiff(Surv(time, status) ~ sex, rho = 1)
surv_pvalue(fit, method = "Gehan-Breslow")