当南半球赤道附近吹的东南信风减弱后,太平洋地区的冷水上泛会减少或停止,从而形成大范围海水温度异常增暖。每隔数年,东南信风减弱,东太平洋冷水上翻现象消失,表层暖水向东回流,导致赤道东太平洋海面上升,海面水温升高。以环赤道太平洋地区最为显著。
一旦出现气候异常,东太平洋的冷洋流即被一股暖洋流所代替,厚度达30多米的暖洋流覆盖在冷洋流之上。风向和洋流发生逆转,太平洋表层的热流就转而向东走向美洲,随之便带走了热带降雨,导致信风由西向东吹,并推动海水上层的暖洋流覆盖秘鲁冷洋流,使后者的温度猛升3℃—6℃。
当厄尔尼诺发生时,赤道东太平洋大范围的海水温度可比常年高出几摄氏度。太平洋广大水域的水温升高,改变了传统的赤道洋流和东南信风,使全球大气环流模式发生变化,其中最直接的现象是赤道西太平洋与印度洋之间海平面气压的反相关关系。
1990年1月,太平洋中部海域水面温度高于往年,除赤道海域水面温度比往年高出0.5℃外,国际换日线以西的海域水面温度也比往年高出将近1℃,接近海面的28℃的暖水层比往年浅10米左右,南美洲太平洋沿岸水域的水位比平时上涨15~30厘米。1997年至1998年,太平洋东部至中部水面温度比正常高出约3至4℃。
气象学家研究30余年的天气档案资料发现,几次重大的厄尔尼诺发生年,都出现过全球性的天气异常。1972年,有些国家和地区却发生了严重洪水,非洲突尼斯出现了200年一遇的特大洪水,秘鲁出现了40年来最严重的水灾。1982年东太平洋近赤道地区的海水异常增温,圣诞节前后,栖息在圣诞岛上的1700多只海鸟不知去向,接着秘鲁大雨滂沱,洪水泛滥。1983年,美洲、亚洲、非洲和欧洲都连续发生异常天气。
温暖的海水,影响鱼类的成群移动,破坏珊瑚礁的生长。特别容易在西北太平洋和东北太平洋形成威力强大的台风和飓风,例如:1997年太平洋台风季当年就曾出现十个威力达到等级最高的五级台风,在1997年太平洋飓风季也出现两个等级最高的五级飓风分别是:飓风琳达和飓风盖勒摩。
厄尔尼诺使大量冷水性的浮游生物遭到灭顶之灾,纷纷逃离或死亡。下层海水中的无机盐类营养成分不再涌向海面导致当地的浮游生物和鱼类大量死亡,大批鸟类亦因饥饿而死。
对于中国来说,厄尔尼诺易导致暖冬,南方易出现暴雨洪涝,北方易出现高温干旱,东北易出现冷夏。1972年,我国发生了新中国建国以来最严重的一次全国性干旱。