区别在于：
1、设定的目的不同：
创业板又叫做二板市场，是解决创业型企业、中小型企业及高科技产业企业等需要进行融资和发展而设立；而新三板是为全国中小型科技型公司提供一条融资之路。
2、上市要求不同：
创业板虽然是注册制，但上市要求比新三板严格；而新三板只要符合相应层级的条件，就能挂牌到对应的层级。
3、上市交易所不同：
创业板在深圳证券交易所；新三板未来会在北京证券交易所。
4、开通权限不同：
交易沪深主板的股票没有资金要求、科创板和创业板需要分别满足20个交易日日均资产50万、10万的资金要求以及两年的交易经验。
而新三板分为基础层、创新层：开通权限前10个交易日需要分别满足日均资产：200万、100万的资金要求，以及2年的交易经验。
新三板精选层的股票已经改革到北交所上市，开通门槛为20个交易日，日均资产50万和2年的交易经验。
5、涨跌幅限制不同：
创业板前五个交易日不设置涨跌幅限制；而新三板在股转系统中目前：上市首日没有限涨跌幅限制，从次日起：新精选层、创新层、基础层涨跌幅限制分别为30%、50%、100%；未来新三板在北交所挂牌后，上市首日不设置涨跌幅限制，次日起实施30%涨跌幅限制。
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