支付宝备用金逾期两天的后果主要有3点：

1、功能被限制

逾期之后，系统会限制使用，要还清之后才可以再申请。逾期同时也会影响花呗、借呗等产品的使用；

2、产生逾期费用

逾期后每天的费用与日常使用每天的费用一致，具体以页面显示为准；

3、影响信用

支付宝的备用金和蚂蚁信用分挂钩，备用金逾期会影响芝麻分。建议您及时还款，保持良好的使用记录，避免逾期影响您的个人信用。